2285年,在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号,返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为:如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等,最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知,进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他,斯波克的遗体必须返回瓦肯星,否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星,寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合,因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是,星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊,企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕,但这并没有影响到整个计划:在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱,并一同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击,斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险,驾驶进取号航向创世星。
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